1.檢查意義不同：
乙肝五項檢查主要是用來判斷是否感染乙肝，粗略估計病毒複製水平的初步檢查，用來區分大、小三陽。而肝功能檢查，是判斷患者肝臟是否受損，對於查明肝病原因、判斷預後和鑑別發生黃疸的病因有著非常重要的意義。
2.檢查項目的不同：
乙肝五項檢查是：乙肝表面抗原、乙肝表面抗體、乙肝e抗原、乙肝e抗體、乙肝核心抗體，這五個檢查項目。而肝功能的檢查項目是有很多的，需要根據不同的病情進行相應的檢查，比較常見的有：轉氨酶、總膽紅素、直接膽紅素、間接膽紅素、白蛋白、球蛋白等。
3.檢查的指標要求等有所不同，由於乙肝五項檢查，和肝功能檢查檢查的意義不同，所以他們的指標和要求也是會有所不同的。乙肝五項檢查是用陰性和陽性來表示的，而肝功能檢查就比較複雜了，不同的檢查項目，意義不同所出現的指標也是有所不同的。
4.檢查的要求不同，乙肝五項檢查是檢查乙肝病毒的一個指標，不需要進行空腹。而肝功能檢查是檢查體內肝臟情況的一個指標，為了檢查結果的準確性，患者必須空腹檢查，並要注意飲食清淡，不能熬夜，檢查前不能劇烈的運動。
