用消毒清潔劑進行清洗，但一定要讓消毒劑保留半小時以上;馬桶墊清洗、消毒過後最好在太陽下晾乾。清洗間隔時間最好不要超過一星期，如果有外人使用過應當天就清洗。
注意：馬桶和人體肌膚親密接觸，很容易成為病菌傳播的媒介，特別是大腸桿菌。現在很多家庭都使用馬桶墊，而茸茸的布面更易藏汙納垢，病菌傳染的危險性也更大。市防疫站消毒科梁建生科長提醒人們：要經常給馬桶消毒。 給家庭馬桶消毒很簡單，只需用市場上賣的消毒清潔劑進行清洗就可以了，但一定要讓消毒劑保留半小時以上。
現在市場上還有用無紡布製成的一次性坐廁隔膜墊賣，使用這種坐墊應是最衛生的，也很方便，但只適用於中高收入家庭使用。
