六味地黃丸最好在飯前30-60分鐘吃，以便藥物成分能直接與胃黏膜接觸，避免受胃內食物稀釋而影響藥效。而且，由於六味地黃丸屬於滋陰補腎的藥物，服藥期間最好別吃辣椒、花椒等燥熱辛辣的食物，清淡飲食才有利於提高藥效。
另外，六味地黃丸服用劑量、次數、時間，也應因病情、年齡、身體狀況等因素而有所不同。一般來說，最好遵醫囑服用。慢性病患者大多每日服2次，服用時間可達數月。值得注意的是，由於六味地黃丸是滋補藥物，長期用會影響脾胃消化吸收功能。若出現舌苔濁膩、口涎多痰、食慾不振、大便稀溏等症狀時，應暫時停藥。
經常出現腰膝痠軟、五心煩熱、盜汗遺精、眩暈耳鳴、頭痛面赤、咽乾口渴、小便多、疲倦乏力、浮腫、虛火牙痛、牙齦充血等症狀的患者，服用六味地黃丸一般都會有效，而那些腎陽虛者則不適用，否則會適得其反，致使病情加重，體型偏胖者也不應隨意服用。
