(1)內分泌失調
胚胎著床及繼續發育依賴於複雜的內分泌系統彼此協調，任何一個環節失常，都可致流產。胚胎早期發育的時候，需要三個重要的激素水平，一個是雌激素，一個是孕激素，一個是人絨毛膜促性腺激素，作為母體來講，自身的內源性激素不足，就滿足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流產。其中最常見的是黃體功能不良，黃體功能不全可造成子宮內膜發育遲緩和黃體期短，從而影響受精卵的種植，或早期妊娠流產。黃體功能不全者常伴有其他腺體功能異常，如甲狀腺功能亢進或減退、糖尿病、雄激素相對增多症及高泌乳素血癥等，這些因素均不利於胚胎髮育，與流產密切相關。
(2)免疫因素
妊娠宮內的胚胎或胎兒實屬同種異體移植，因為胎兒是父母的遺傳物質的結合體和母體不可能完全相同。母--胎間的免疫不適應而引起母體對胎兒的排斥。常見的自身免疫疾病為系統性紅斑狼瘡、硬皮病、混合性結締組織病、皮肌炎等。其二是生殖免疫的問題，如果我們自身帶某種抗體，就有可能影響胚胎的發育。實際上抗體的檢測每個醫院是不太一樣的，醫生的觀點也不太一樣，從我們研究的角度來說，認為影響因素有四個，一個是抗精子抗體，如果要有的話，有可能會抵制精卵結合;第二，是抗子宮內膜抗體，如果存在抗子宮內膜抗體的話，有可能會影響胚胎的發育，抵制胚胎的發育;第三是抗卵巢抗體，如果要有，會影響卵子的質量;第四是叫抗絨毛膜促性腺激素抗體，這個激素實際是精卵結合之後七天就要分泌的一個重要的激素，但是如果自身有這種抗體的話，就會抵制激素的分泌，就有可能造成胚胎的停育。
(3)子宮異常
子宮裡的內環境和子宮整體的環境都有可能對胚胎有影響。內環境就是子宮內膜，如果太薄、太厚都會影響著床。由於子宮缺陷引起的流產約佔10%~15%，常見的有(1)先天性苗勒氏管的異常包括單角子宮、雙子宮及雙角子宮致宮腔狹小，血供受到限制。子宮動脈發育異常可導致蛻膜化不同步和種植異常。(2)宮腔粘連，主要由宮腔創傷、感染或胎盤組織殘留後引起宮腔粘連及纖維化。阻礙了正常蛻膜化和胎盤種植。(3)子宮肌瘤及子宮內膜異位症引起血供減少導致缺血和靜脈擴張，蛻膜化不同步，種植異常以及肌瘤造成的激素改變也會引起妊娠的失敗.(4)先天性或損傷性宮頸內口鬆弛以及胎內接受乙烯雌酚治療致宮頸發育異常常致中期妊娠流產。
(4)染色體的問題
如果染色體異常的話也會導致胚胎不發育而致早期流產。染色體異常包括數量和結構異常，數量上的異常可分為非整倍體和多倍體，最常見的異常核型為三倍體，而16三體又佔 1/3，常有致死性。21三體中有25~67%，13三體中有4一50%，18三體中有6~33%必然流產。其他有單倍體(4SX)，四倍體因卵裂異常致胚胎不發育。結構異常有缺失，平衡易位、倒置、重疊等閉。平衡易位是最常見的染色體異常。關於染色體問題目前的研究認為染色體間配對、互換和分離形成配子，配子結合形成合子。如果其中的合子有異常的，則導致不能正常發育，可導致流產、死胎、死產、畸形兒，故而，需做產前診斷，以防止染色體患兒出生。對於染色體異常攜帶導致的流產、胎停育等目前西醫尚無有效治療方法，僅能進行產前遺傳學諮詢和診斷。對於染色體異常，從理論上講均有分娩正常核型及攜帶者嬰兒的機會，對這些夫婦做產前診斷，確保生育正常的嬰兒。當然，目前研究亦表明，夫婦雙方染色體都正常，但配子形成和胚胎髮育過程中出現了染色體異常。如女性年齡大於35歲，卵子老化，易發生染色體不分離，導致染色體異常;精液異常，如大頭畸形的精子多數為二倍體，受精後形成多倍體胚胎導致流產。不良環境的影響如有毒化學物質、放射線、高溫等也可引起胚胎染色體異常。所以，預防因為染色體異常導致胎停育的關鍵是調理夫妻雙方身體，使之各臟腑功能正常協調，陰陽平衡，擇優而孕，並遠離不良環境。
(5)生殖道感染
除以上各種因素外，感染所致孕早期流產愈來愈受到國內外學者的重視。妊娠早期嚴重的TDRCH感染可引起胚胎死亡或流產，較輕感染亦可引起胚胎畸形。研究表明鉅細胞病毒可引起過期流產、胎死宮內等。母體發生感染後病原體可通過血行使胎盤感染，引起絨毛膜和毛細血管內皮受損，破壞胎盤屏障，病原體進人胎兒導致流產、胚胎停止發育及胎兒畸形圖。近年來許多研究表明支原體感染與胚胎停止發育有關，胚胎停止發育婦女宮頸分泌物支原體感染陽性率明顯高於正常婦女，並有極顯著差異。
(6)環境因素
妊娠期生理狀態的改變、使母體對治療藥物和各種環境有害物質的吸收、分佈和排洩發生了較大的改變，在發育初期，胚胎對治療藥物和環境因素的影響極為敏感，此時各種有害因素都可導致胚胎的損傷、甚至丟失。許多藥物和環境因素是引起早期胚胎死亡或胎兒畸形的重要因素。環境類激素可直接作用於中樞神經內分泌調節系統，引起生殖激素分泌紊亂，出現生殖率下降和胚胎髮育異常。造成流產的環境因素多種多樣，其中包括X射線、微波、噪音、超聲、高溫等物理因素，以及重金屬鋁、鉛、汞、鋅影響受精卵著床或直接損害胚胎而導致流產。各類化學藥物如二澳氯丙烷、二硫化碳、麻醉氣體、口服抗糖尿病藥等可干擾、損害生殖功能，致胚胎流產、死胎、畸形、發育遲緩及功能障礙。以及不良生活習慣如吸菸、酗酒、咖啡、毒品、某些藥物等均影響早期胚胎髮育。
