進行胃鏡檢查，為了清楚的看到消化道的粘膜、必須使被檢查部位很乾淨，即沒有食物也無血塊殘存。如在上午作胃鏡檢查，在檢查前一天晚上8時以後，不進食物及飲料，禁止吸菸。前一天晚飯吃少渣易消化的食物。因為病人即使飲少量的水，也可使胃粘膜顏色發生改變，如在顯著萎縮性胃炎的本色病變，飲水後胃粘膜可變為紅色，使診斷出現錯誤。如果下午作胃鏡，可讓病人當天早8點前可喝些糖水，但不能吃其他東西，中午不吃東西。如為幽門梗阻病人，在檢查前一天晚上必須進行洗胃，徹底洗清胃內容，直到沖洗的迴流液清晰為止。在洗胃後胃管抽出以前，病人採取頭低足高仰臥姿勢，以使胃內殘留液完全排出。不能在當天洗胃，因為洗胃後能使胃粘膜顏色改變。如果已做鋇餐檢查，此鋇餐鋇劑可能附於胃腸粘膜上，特別是潰瘍病變的部位，使纖維胃鏡診斷髮生困難，故必須在鋇餐檢查3天后再做胃鏡檢查。
同時為減少唾液分泌、減低反射、減少緊張，在檢查前15～30分鐘打阿托品0.5毫克及安定10毫克或魯米那0.1克，注射後喝去泡劑2～3毫升。
