1、遺傳因素：
近親結婚，夫妻雙方或一方染色體異常，夫妻雙方血緣關係越近，下一代染色體異常越易表現為顯性，染色體異常的胚胎多不能存活而導致流產，也有的出現畸胎、胎兒發育遲緩，或雖存活但表現為染色體異常的顯性遺傳。
2、黃體功能不全：
卵巢破裂排卵後，形成黃體，黃體分泌孕激素等。受孕後，黃體繼續維持妊娠4-6個月才開始退化，妊娠早期的黃體壽命及其功能是受人絨毛膜促性腺激素(HCG)作用的。孕卵在子宮著床後，從卵胚細胞中分化出合體滋養層，與之相接觸的子宮蛻膜將來發育成胎盤，合體滋養層很快分泌HCG進入母體，使黃體壽命延長，並刺激其合成孕激素，以維持妊娠。
3、母兒血型不合：
最常見為ABO血型不合，少見有RH型、MN系統血型不合。如果母親和胎兒之間的血型不合，胎兒從父親方面得到的抗原，進入母體產生抗體，抗體通過胎盤進入胎兒血循環，作用於紅細胞，使之破壞溶血，嚴重的可使胎兒死亡，導致晚期流產。在ABO血型不合中，大多數孕婦為O型血，丈夫為A型、B型或AB型血，如果胎兒血型為A型或B型，就有可能發生晚期流產，但此種情況發生率不高。
4、子宮頸內口鬆弛：
習慣性晚期流產常由宮頸內口鬆弛引起。由於手術的損傷，少數是先天性發育異常引起宮頸內口擴張，同時子宮峽部缺陷，妊娠中期後，羊水增多，胎兒長大，宮腔內壓力增高，胎囊自宮頸內口突出，宮頸管逐漸縮短、擴張，當壓力增高到一定程度，胎膜突然破裂，導致胎兒排出流產。這種反覆流產，可根據以往流產發生的時期，選擇在妊娠12～20周行子宮內口縫扎術，術後予安胎治療，至妊娠足月有臨產先兆或計劃施行剖宮產時再拆除縫線。
