(1)有4類寶寶不宜接種流感疫苗，其中包括6個月以下嬰兒;具有過敏體質，尤其是對雞蛋過敏的寶寶;患有先天性疾病的孩子;患有感冒、發燒、發熱等或急性病發作時，則先治病，等身體恢復後再接種。
(2)處於高熱或急性傳染病發病期的寶寶和對破傷風蛋白過敏的寶寶慎用B型流感嗜血桿菌混合疫苗(HIB疫苗) 。
(3) 輪狀病毒疫苗建議於寶寶 2、4、6個月大時使用，視需要可提前到寶寶6周大時開始使用，之後每三星期再次使用。較大的寶寶第一劑有較明顯的副作用，所以不建議寶寶6個月大以後才開始第一劑。疫苗使用後四周內爸媽在給寶寶換尿布後應多洗手，以免排洩出的活病毒引起糞口傳播。哺餵母乳時仍可使用疫苗，雖然使用第一劑疫苗與哺乳同時進行，可能減低免疫效果，但口服三劑後就完全相同。若於服用疫苗期間，不幸遭到輪狀病毒感染， 亦需繼續完成三劑疫苗，因為仍然可以避免其他血清型的輪狀病毒感染及降低感染的嚴重性。
第一劑使用後五天，寶寶偶有低度發熱、食慾不振、躁動及活力降低等現象;而第二劑則只有輕度發熱;到第三劑時這些現象就很少發生了。
(4)寶寶在接種過程中應忌食油、可樂、咖啡、濃茶、刺激性食物，類固醇和免疫抑制劑會導致接種失敗，應慎用狂犬病疫苗。
(5)有嚴重疾病史、過敏史、免疫缺陷病者禁用。一般疾病治療期、發熱期的寶寶要緩用水痘疫苗。
(6)發熱、急性病或慢性病發作期的寶寶應緩種。免疫缺陷，正在接受免疫抑制劑治療的寶寶，過敏體質的寶寶禁用甲肝疫苗。
