使用耳塞可能導致耳垢在耳塞插入耳道的同時被推進中耳,這能造成耳鳴,減弱聽覺，疼痛或細菌感染。耳垢過多的使用者應更小心地使用耳塞，且耳塞應經常用水和溫和的肥皂清洗。然而，泡沫類型的耳塞通常都是用完即可丟棄的, 而且將其泡在水裡弄乾後可能會失去慢回彈的特性。
此外，防噪音耳塞也有可能成為是耳炎的激發因素, 因為在溫暖的，潮溼的環境下，許多細菌會繁殖得更旺盛。
然而，使用防噪音耳塞通常是安全的，但必須預防一些長期使用可能出現的潛在危險:
插入耳塞的時候會導致中耳的氣壓上升，並推向耳鼓導致疼痛，這是因為耳塞插入過深。為了避免這個危險，請先將耳塞搓細並插入預好的理想位置，當耳塞完全膨脹後最好不再往裡推。反之亦然，拔出耳塞時為了避免耳鼓受擠，應慢慢地將耳塞旋出而不是強拉出來。
