當新生兒有發熱，體溫超過37.5℃時，或者是早產兒、難產兒，寶寶有頑固性嘔吐及顯著消化不良時，或者小兒有溼疹、膿皰疹、流感等疾病時就不能接種卡介苗。
一般來講，懷孕足月健康的新生兒出生後即可接種卡介苗，因為卡介苗是一種減去毒性和致病性的牛型結核桿菌，它能刺激人體產生免疫反應，提高人體對結核桿菌的抵抗力而起到保護作用。隨著接種的細菌在體內逐漸減少，免疫力會逐漸降低，因此每隔6年應重複接種一次，以保證小兒體內有足夠免疫功能。當新生兒有發熱，體溫超過37.5℃時，或者是早產兒、難產兒，寶寶有頑固性嘔吐及顯著消化不良時，或者小兒有溼疹、膿皰疹、流感等疾病時就不能接種卡介苗，應待病情治癒後再打預防針。如果懷疑有先天性免疫缺陷的新生兒是不能打任何預防針的。
乙肝疫苗可阻斷病毒母嬰傳播，對乙肝有良好的預防作用，在新生兒出生時應立即接種，以後在1個月、6個月時重複接種兩次。如果母親在懷孕後期發生急性乙型肝炎或母親是乙肝表面抗原或e抗原攜帶者該怎麼辦呢?那在她的孩子出生時不光應注射乙肝疫苗，還應注射乙肝免疫球蛋白，才能起到保護作用。
