全身各部化膿性感染，尤其腹腔內感染，可通過下述途徑進入肝臟：
①膽道：據報道，約22～52%細菌性肝膿腫來自膽道炎症，包括膽石、膽囊炎、膽道蛔蟲、其他原因所致膽管狹窄與阻塞等。
②門靜脈：所有腹腔內、胃腸道的感染均可通過門靜脈進入肝臟。過去細菌性肝膿腫最常見來源為化膿性闌尾炎，可佔30～50%，近年已被膽道感染所取代。其他還有潰瘍病、憩室炎、潰瘍性結腸炎、大腸癌伴感染、痔核感染等。
③肝動脈：全身性或其他全身各部化膿性疾病，如敗血症、化膿性骨髓炎、癰癤、亞急性細菌性心內膜炎、呼吸道感染等均可通過肝動脈進入肝臟。這種途徑約佔細菌性肝膿腫的10%左右。
④鄰近組織器官化膿性炎症的直接蔓延：包括膽囊、右腎、潰瘍病穿孔、胰腺、膈下膿腫等。
⑤其他尚有創傷、異物等所引起者，亦有來源不明者。膿液培養提示，革蘭氏陰性菌多幹革蘭氏陽性菌，常見者為大腸桿菌、鏈球菌和葡萄球菌。其他如副大腸桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、產氣桿菌、傷寒桿菌、黴菌等均曾有報道。混合感染多於單一細菌感染。細菌性肝膿腫可多發或單發，以多發常見，但右肝遠多左肝。機體抵抗力減弱也是本病發病的重要內因。
