在本病的防治上，要積極消除引起食管下括約肌削弱的因素，再用藥物控制症狀，做到“標本兼治”。大部分患者經注意飲食調節、減輕體重、墊高床頭及加用藥物治療，都有良好的效果，在藥物上可按醫囑選用1～2種藥物。
降低腹內壓
據《食管疾病》雜誌報道，腹內壓降低70%以上能夠顯著減少腹水患者的胃食管反流。
巴西聖保羅大學醫學院的T.Navarro-Rodriguez博士及其同事研究了腹內壓降低對食管下段括約肌壓力(LESP)和24小時pH值監測的影響。結果表明，當腹內壓顯著降低時，LESP不發生顯著變化。腹水患者出現胃食管反流，而腹內壓降低70%以上可使胃食管反流顯著減少。
改變生活習慣
生活習慣的改變對許多GERD患者是有益的，但單純依靠這些未必能夠控制多數患者的症狀。研究表明抬高床頭，減少脂肪攝入，戒菸，餐後3小時避免臥床可以減少遠端食管酸暴露。一些食物如巧克力，酒精，薄荷，咖啡以及大蒜被推測對患者有益。
抑制胃酸
制酸劑和非處方(OTC)的抑酸劑如海藻酸對於燒心和反酸的病人是個體治療的選項，它們對於輕度的GERD是有效的。當症狀持續，或者當報警症狀、體徵出現時，應該行進一步的檢查和治療。抑酸是GERD治療的主要手段。PPI(奧美拉唑，蘭索拉唑，雷貝拉唑，泮托拉唑和埃索美拉唑)可以使症狀快速緩解並使食管炎達到最高的癒合率。PPI類藥物在美國已經使用了超過10年的時間，在歐洲和澳大利亞的時間更長。另外有些病人可以通過相對較弱的抑酸藥如H2RA得到效果。一旦患者使用較弱治療失敗，他們應該轉向長期PPI治療。對於Barrett食管患者，通常需要兩倍於常規的劑量，即使患者在低劑量的情況下沒有症狀。
促進胃動力
促動力藥可以在部分病人中使用，尤其是作為抑酸劑的輔助用藥，但不能作為GERD患者的理想單一用藥。甲氧氯普胺和氨甲酰甲膽鹼的常見中樞神經系統副作用在一定程度上限制了這些藥物的應用。西沙必利和多潘立酮被證明可以緩解症狀，但前者可導致致死性心律失常。多潘立酮是一種多巴胺受體拮抗劑，因不容易通過血腦屏障，對中樞神經系統影響很小。另一種藥物巴氯芬據報道可以同時減少酸反流的次數和食管酸暴露的時間百分比，因有很高的副作用發生率，難以作為常規用藥。
維持治療
由於GERD是一種慢性病，許多病人需要長期，甚至終身治療。有效的維持治療可以使患者的症狀容易控制並且預防併發症發生。無論使用哪種藥物多少劑量，能夠控制症狀的劑量即應該使用的劑量，包括足量甚至加量。
手術治療
對於確診為GERD的患者，可以考慮由經驗豐富的手術醫生進行抗反流手術。研究表明，10年以後92%使用藥物治療的患者仍然在服藥，而一開始行手術治療的病人僅有62%返回到藥物治療中。手術治療在5年後略優於奧美拉唑20mg 每天，而當藥物劑量增大到40～60mg每天時，兩種治療的效果相當。最好的手術預測因子是：年齡小於50歲，可以通過藥物完全緩解的典型反流症狀，典型的反流症狀相對於不典型症狀更容易通過手術得到控制。藥物治療難以控制的病人，特別是有夜間反酸的病人，可以從手術中得益。
內鏡治療
內鏡治療對於確診GERD的部分患者可以控制症狀。目前有三組內鏡治療方法：在LES區域進行射頻技術，內鏡下縫合技術以減少反流，LES區域注射技術。所有這些技術都表明可以改善症狀，但對於確診為GERD並對PPI治療有效的患者，目前(21世紀初)不支持應用。
