瑪卡的副作用之一：可能會導致甲狀腺腫大，瑪咖含有硫代葡萄糖甙的化合物,如果結合低碘飲食過量服用，可能會導致甲狀腺腫脹。
瑪卡的副作用之二：可能會過敏，好多人都很容易過敏，過敏主要是針對過敏源導致的，而且每個人的過敏源都不同，比如有人對某種花過敏，過敏的症狀包含：口部、嘴唇或咽喉有瘙癢、刺痛或腫脹;皮疹、皮膚紅腫、瘙癢;腹瀉或嘔吐;流鼻涕或鼻塞、眼部發紅、痛或流眼淚;吞嚥困難;咳嗽、喘息、呼吸困難、關節僵硬、昏倒、休克，這些都是過敏的症狀，而 瑪咖也可能是某些人的過敏源。
瑪卡副作用之三：可能會導致皮膚問題，由於瑪咖會增加荷爾蒙分泌，所以青少年、嬰幼兒不適合吃瑪咖，瑪咖會導致青少年粉刺等皮膚疾病。
瑪卡副作用之四：調節性激素水平，導致月經失調、性慾下降，好多人對這個不理解，瑪咖明明可以增加性慾，為甚麼會導致月經失調、性慾下降?瑪咖適合內分泌失衡的人食用，如果您內分泌正常就無須服用瑪咖，因為瑪咖可能會增加荷爾蒙分泌，導致內分泌失衡，所以古人說的無病不要亂吃藥是很有道理的。
瑪卡副作用之四：可能導致噁心和胃部不舒服，這個主要是因人而異的，跟腸胃狀況有很大的關係。
瑪卡副作用之五：瑪咖過量會導致上火，正在上火的人群吃瑪咖會導致上火加重，這個量一定要控制好，好東西還要適量攝入。
瑪卡作為一種草本植物，但是不能攝入過量，一般一日保持在25克之內是非常合理的，如果攝入過量，會導致一系列的惡果。
