成人輸尿管囊腫的處理：
既往多采取開放性手術治療，不僅可以直接顯露病變部位，解除梗阻以及進行抗返流治療，而且還可同時處理泌尿系其他畸形。但畢竟創傷大，住院時間長，費用高。自Tank於1986年首次報告經尿道囊腫切開治療輸尿管囊腫以來，國內外相繼有不少報道。門光金等認為，若囊腫直徑≤3cm時，可以經尿道行囊腫切開，9例術後隨診2個月～15年，症狀均消失，經B超、IVU、膀胱造影檢查，亦未發現囊腫復發、管口狹窄及返流;如若囊腫直徑>3cm者，應依據患者具體情況，行開放性手術治療。因此可作為原位輸尿管囊腫，且體積小，無泌尿系其他畸形者首選治療方法。
兒童輸尿管囊腫的治療：
由於兒童輸尿管囊腫多數併發重複腎、重複輸尿管畸形，所以處理比較複雜。不過，近年來因為醫療器械不斷改進和臨床的經驗大量積累，對兒童、乃至新生兒像成人—樣採用經尿道囊腫切開口如Conlin應用小光纖(0.4~0.6mm)、低功率(4～8W)的鉀鈦磷激光(potassium titany phos—phate 1aser)經尿道囊腫切開，不僅能精確的切開囊腫，還可減少對膀胱頸或同側側下腎段輸尿管開口的電灼性損害。Pfister等(l998)報告了37例新生兒經尿道輸尿管囊腫切開治療結果，其中16倒是原位輸尿管囊腫，2 l例為異位囊腫;術後，前一組14例獲得良好療效，佔87.5%，後一組則有85.7%需再次手術。儘管如此，但不少作者還是認為，畢竟這種手術操作簡單?侵害性小，麻醉時間短，因而危險性亦小。所以可作為治療的首選方法。雖然有24%的患兒術後可能出現返流，但在感染之前解除梗阻，將能使大部分腎臟功能得到保護;即使有少數患者尚需進行再次手術，感染被消除，腎功得改善，至少為病兒需再次手術者贏得了時間，使肯定性治療能夠在較適宜的條件下進行。
如果重複腎的上腎段功能尚好，可依據腎盂、輸尿管擴張情況，選擇腎盂輸尿管吻臺、遠端或近端輸尿管一輸尿吻合以及輸尿管一膀胱抗返流再吻合。
如果證實上腎段功能喪失殆盡，上腎段切除+上腎段輸尿管部分切除或上腎段切除+輸尿管全切可作為選擇的治療方法。對無功能的上腎段切除理所當然，問題在於上腎段之輸尿管全部還是部分切除則存在異議。Rcltelman等認為，輸尿管全切後可減少輸尿管殘端病變，同對還可實施膀胱後壁的修補;而堅持行輸尿管部分切除者則認為。在髂血管分叉以下兩條輸尿管由一外鞘包裹，勉強分離可能會損傷下段腎輸尿管之血供，所以不少臨床醫師願意將其留下。 然而如果輸尿管擴張顯著，其開口並有狹窄或返流時，還是以全切較為妥當。上、下腎臟功能全部喪失者應將其切除。
