根：根由3部分組成：根頸、塊根、鬚根。根頸頭(區別於“根莖”，根頸是根，根莖是莖)是根的最上部，顏色較深，著生有芽;塊根由根頸下方生出，肉質，粗壯，呈紡錘形或長柱形，粗0.6～3.5釐米，外表淺黃褐色或灰紫色，內部白色，富有營養，塊根一般不直接生芽，斷裂後卻可萌生較小的新芽，因此秋季收集5釐米以上的斷根也可繁殖;鬚根主要從塊根上生出，是吸收水分和養料的主要器官，並可逐漸演化成塊根。芍藥的根按外觀形狀不同，一般又可分為三型：粗根型、坡根型、勻根型。粗根型，根較稀疏，粗大直伸;坡根型，根向四周伸展，粗細不勻;勻根型，根條疏密適宜，粗細均勻等。根可入藥。
芽：叢生在根頸上，肉質，冬季在地下越冬，春初隨氣溫上升，萌芽出土，初生時水紅色至淺紫紅色，也有黃色的，長出地面後，顏色加深，一般成為深紫紅色，外有鱗片保護。芍藥的芽為混合芽，既發育成生殖器官——花，又形成營養器官——莖和葉。萌芽前，芽長為2.5～4釐米。芽生出地面之後的顏色與形態也因品種不同會有所差異，顏色從深紫紅色到黃褐色不等，芽形則可分為3型：即短圓型、竹筍型、筆尖型。短圓型，芽體較短，端部鈍圓形;竹筍型，芽體較長，端部急尖，呈竹筍狀;筆尖型，芽體較長，端部漸尖，狀如毛筆的筆尖。芍藥發芽是最壯觀的場面之一，因為它體現了生命的萌發與活力，因此具有價高的欣賞價值。
莖：由根部簇生，高約50～110釐米，草本，莖基部圓柱形，上端多稜角，有的扭曲，有的直伸，向陽部分多呈紫紅暈。
葉：下部的二回三出羽狀複葉，即葉的末端由3片小葉組成一束葉，兩側又各有一束葉，兩側的每一束葉通常情況下由4片小葉組成，中部的複葉，末端的3片小葉不變，兩側的小葉片數開始減少，由原先的4片逐漸減為3片、2片或1片，甚至消失，當消失時，末端只有3片小葉構成，這時叫做三回羽狀複葉，上方的葉片是單葉。葉長20～24釐米，小葉有橢圓形、狹卵形、被針形等，葉端長而尖，全緣微波，葉緣密生白色骨質細齒，葉面有黃綠色、綠色和深綠色等，葉背多粉綠色，有毛或無毛。芍藥的葉也具有觀賞價值，“紅燈爍爍綠盤龍”中“綠盤龍”就是對葉的讚美，因此也可作為觀葉植物。
花蕾：形狀有圓桃、平圓桃、扁圓桃、尖圓桃、長圓桃、尖桃、歪尖桃、長尖桃、扁桃等數種。外輪萼片5枚，葉狀披針形，綠色，從下到上依次減小;內萼片3枚(不包括變種)，綠色或黃綠色，有時夾有黃白條紋或紫紅條紋，倒卵形、寬卵形、圓形、橢圓形或不規則形。
花：一般獨開在莖的頂端或近頂端葉腋處，也有一些稀有品種，竟是2花或3花並出的。原種花白色，花徑8～11釐米，花瓣5～13枚，倒卵形，雄蕊多數，花絲黃色，花盤淺杯狀，包裹心皮基部，頂端鈍圓，心皮3～5枚無毛或有毛，頂具喙;園藝品種花色豐富，有白、粉、紅、紫、黃、綠、黑和複色等，花徑10～30釐米，花瓣可達上百枚，有的品種甚至有880枚，花型多變。花期5～6月，果期8月[3] 。
果實：蓇葖果，呈紡錘形、橢圓形、瓶形等，光滑，或有細茸毛，有小突尖。2～8枚離生，由單心皮構成，子房1室，內含種子5～7粒。具有藥用價值。
種子：黑色或黑褐色，種子大型，呈圓形、長圓形或尖圓形。
