乳糖不耐受一般分為三種：先天性乳糖酶缺乏、繼發性乳糖酶缺乏、成人型乳糖酶缺乏。
1.先天性乳糖酶缺乏是由於乳糖酶先天性缺乏或活性不足引起，發生率與種族和遺傳有關，屬於常染色體隱性遺傳。我國新生兒的乳糖不耐受多屬於此類，由於酶缺乏的量和活性程度各人不同，症狀的輕重不一。
2.繼發性乳糖酶缺乏多發生在腸炎後，腸絨毛頂端在腸炎時受損傷而出現酶的缺乏，而於腸炎後出現乳糖不耐受性腹瀉，需待絨毛下端向上生長至頂端，能分泌足量乳糖酶後腹瀉方止，一般需0.5～2個月。不少新生兒和早產兒在新生兒期由於腸黏膜發育不夠成熟以及乳糖酶活性暫時低下，對乳糖暫時不耐受，排便次數多，待活性正常後次數減少。
3.成人型乳糖酶缺乏是由於到一定的年齡後，乳糖酶活性逐漸下降或消失，其發生率隨種族和地區而異。如歐洲白人為5%～30%左右，亞洲黃種人為76%～10%，非洲為95%～10%左右。
