流腮腦炎絕大多數臨床經過良好，病死率約為0.2%一0.3%。部分患者可有後遺症，以致終身殘廢。據上海第二醫科大學附屬新華兒童醫院傳染科對158例流腮腦炎念者經0.5—7年不等的隨訪，發現有輕重不等的後遺症表現者共35例(22.15%)。其中智力異常1例，行為障礙11例，智力異常合併行為障礙8例，癲癇2例，耳聾2例，頭暈或頭痛、耳鳴7例，遺尿3例，口吃1例，由此看來，流腮腦炎的後遺症並非少見。
後遺症的發生與急性期的臨床型別，尤其是發生驚厥次數、持續時間有關。另外從急性期腦電圖觀察到中等度以上變化與後遺症的發生相關。說明腦電圖異常一定程度上反映腦實質損害情況。而在急性期時腦脊液檢查無論細胞數與蛋白量的增高與後遺症的發生均無明顯相關，因腦脊液的改變往往與腦膜病變的輕重有關。
目前對流腮腦炎的治療尚缺乏特殊而有效的方法。為使流腮腦炎後遺症病例數減少以至不發生，在易感兒童中普遍進行流腮的預防工作是有必要的。
