乙腦的預防接種疫苗最重要，和其他傳染性疾病的預防模式一樣，包括控制傳染源——隔離病人至體溫正常，做好對大牲畜的管理，降低動物帶毒率;切斷傳播途徑等。但是其中以保護易感人群，即給適齡兒童進行乙腦疫苗接種注射最為重要，也是最有效的主動預防措施。目前，兒童乙腦疫苗接種被列入計劃免疫程序中，以6個月至12個月的嬰幼兒為主要對象。
以下幾種情況的兒童不宜接種乙腦疫苗：
1、發熱、患急性傳染病、中耳炎等;2、體質衰弱、有過敏史;3、先天性免疫缺陷、近期正在進行免疫製劑治療;4、慶大黴素過敏。
乙腦疫苗接種中的一些不良反應有，少數兒童可能會出現短暫性的發熱反應，一般不會超過2天可自行緩解。偶爾有散在的發疹出現，一般不需要特殊處理，必要時可對症治療。
