無性繁殖
1、芽殖(budding)
酵母菌最常見的繁殖方式。在適宜營養和環境條件下，酵母菌生長迅速。在細胞上長有芽體，而且在芽體上還可形成新的芽體，形成呈簇狀的細胞。
芽體的形成過程：在母細胞形成芽體的部位，水解酶的作用使細胞壁變薄。大量新細胞物質——核物質(染色體) 和細胞質等在芽體起始部位上堆積，使芽體逐步長大。當芽體達到最大體積時，它與母細胞相連部位形成了一塊隔壁。隔壁的成分是由葡聚糖、甘露聚糖和幾丁質構成的複合物。最後，母細胞與子細胞分離，母細胞上就留下芽痕(bud scar)，子細胞上留下蒂痕(birth scar)。根據母細胞表面芽痕數目，可確定某細胞曾產生過的芽體數，因而也可用於測定該細胞的年齡。
2、裂殖(fission)
酵母菌的裂殖與細菌的相似，進行裂殖的酵母菌種類很少，如裂殖酵母屬的Schizosaccharomyces octosporus(八孢裂殖酵母)等。
3、產生無性孢子
擲孢子(ballistospore)：擲抱酵母屬等少數酵母菌產生，外形呈腎狀。形成於卵圓形營養細胞上生出的小梗。孢子成熟後，通過一種特有的噴射機制將孢子射出。因此可用倒置培養皿培養擲孢酵母，射出的擲抱子在皿蓋上形成模糊的菌落鏡像。
有的酵母如Candida albicans等還能在假菌絲的頂端產生厚垣孢子(chlamydospore)。
有性繁殖
通過形成子囊和子囊孢子的方式進行有性繁殖。一般通過鄰近的兩個性別不同的細胞各自伸出一根管狀的原生質突起，隨即相互接觸、局部融合並形成一個通道, 再通過質配、核配和減數分裂，形成4個或8個子核，每一子核與其附近的原生質一起，在其表面形成一層孢子壁後，就形成了一個子囊孢子，而原有營養細胞就成了子囊 。
