一般感染上致病菌後，先是有一至三天的潛伏期，且雙眼多為同時或間隔一兩天發病，病程持續時長為一至兩週，與個人的體質有關。病情多在發病後的第三、四天最為嚴重，之後會慢慢有所好轉。
患者照鏡子或是旁人可見有明顯的眼睛發紅，患者自覺有辣辣的燒灼感。有的人無法在亮光下視物，畏光，或者經常會不自覺地流眼淚。
患有紅眼病的人往往會比正常人產生多數倍甚至數十倍的分泌物，且多為粘性或膿性分泌物。早晨起床時由於分泌物將上下眼瞼黏在一起，患者會感到睜開眼睛十分困難，必須用潔淨的水或眼藥水沾著棉籤將分泌物擦去後才能睜眼。
儘管看上去結膜發紅，但患者的視力並不會因此而下降。若是角膜表面被分泌物附著時，則可能會出現視力模糊，只需將分泌物用眼藥水沖洗乾淨後視力就會恢復。
對於自身抵抗力較差的患者來說，除了眼部的明顯症狀之外，還有可能會出現身體發熱等細菌感染症狀。
