核磁共振的另一特點是流動液體不產生信號稱為流動效應或流動空白效應。因此血管是灰白色管狀結構，而血液為無信號的黑色。這樣使血管很容易軟組織分開。正常脊髓周圍有腦脊液包圍，腦脊液為黑色的，並有白色的硬膜為脂肪所襯托，使脊髓顯示為白色的強信號結構。核磁共振已應用於全身各系統的成像診斷。效果最佳的是顱腦，及其脊髓、心臟大血管、關節骨骼、軟組織及盆腔等。對心血管疾病不但可以觀察各腔室、大血管及瓣膜的解剖變化，而且可作心室分析，進行定性及半定量的診斷，可作多個切面圖，空間分辨率高，顯示心臟及病變全貌，及其與周圍結構的關係，優於其他X線成像、二維超聲、核素及CT檢查。在對腦脊髓病變診斷時，可作冠狀、矢狀及橫斷面像。
檢查目的：顱腦及脊柱、脊髓病變，五官科疾病，心臟疾病，縱膈腫塊，骨關節和肌肉病變，子宮、卵巢、膀胱、前列腺、肝、腎、胰等部位的病變。
優點：1.MRI對人體沒有損傷;
2.MRI能獲得腦和脊髓的立體圖像，不像CT那樣一層一層地掃描而有可能漏掉病變部位;
3.能診斷心臟病變，CT因掃描速度慢而難以勝任;
4.對膀胱、直腸、子宮、陰道、骨、關節、肌肉等部位的檢查優於CT。
缺點:1.和CT一樣，MRI也是影像診斷，很多病變單憑MRI仍難以確診，不像內窺鏡可同時獲得影像和病理兩方面的診斷;
2.對肺部的檢查不優於X線或CT檢查，對肝臟、胰腺、腎上腺、前列腺的檢查不比CT優越，但費用要高昂得多;
3.對胃腸道的病變不如內窺鏡檢查;
4.體內留有金屬物品者不宜接受MRI。
5. 危重病人不能做
6.妊娠3個月內的
7.帶有心臟起搏器的
核磁共振檢查的注意事項
由於在核磁共振機器及核磁共振檢查室內存在非常強大的磁場，因此，裝有心臟起搏器者，以及血管手術後留有金屬夾、金屬支架者，或其他的冠狀動脈、食管、前列腺、膽道進行金屬支架手術者，絕對嚴禁作核磁共振檢查，否則，由於金屬受強大磁場的吸引而移動，將可能產生嚴重後果以致生命危險。一般在醫院的核磁共振檢查室門外，都有紅色或黃色的醒目標誌註明絕對嚴禁進行核磁共振檢查的情況。
身體內有不能除去的其他金屬異物，如金屬內固定物、人工關節、金屬假牙、支架、銀夾、彈片等金屬存留者，為檢查的相對禁忌，必須檢查時，應嚴密觀察，以防檢查中金屬在強大磁場中移動而損傷鄰近大血管和重要組織，產生嚴重後果，如無特殊必要一般不要接受核磁共振檢查。有金屬避孕環及活動的金屬假牙者一定要取出後再進行檢查。
有時，遺留在體內的金屬鐵離子可能影響圖像質量，甚至影響正確診斷。
在進入核磁共振檢查室之前，應去除身上帶的手機、呼機、磁卡、手錶、硬幣、鑰匙、打火機、金屬皮帶、金屬項鍊、金屬耳環、金屬紐扣及其他金屬飾品或金屬物品。否則，檢查時可能影響磁場的均勻性，造成圖像的干擾，形成偽影，不利於病灶的顯示;而且由於強磁場的作用，金屬物品可能被吸進核磁共振機，從而對非常昂貴的核磁共振機造成破壞;另外，手機、呼機、磁卡、手錶等物品也可能會遭到強磁場的破壞，而造成個人財物不必要的損失。
近年來，隨著科技的進步與發展，有許多骨科內固定物，特別是脊柱的內固定物，開始用鈦合金或鈦金屬製成。由於鈦金屬不受磁場的吸引，在磁場中不會移動。因此體內有鈦金屬內固定物的病人，進行核磁共振檢查時是安全的;而且鈦金屬也不會對核磁共振的圖像產生干擾。這對於患有脊柱疾病並且需要接受脊柱內固定手術的病人是非常有價值的。但是鈦合金和鈦金屬製成的內固定物價格昂貴，在一定程度上影響了它的推廣應用。
MRI檢查適應症
1、神經系統病變：腦梗塞、腦腫瘤、炎症、變性病、先天畸形、外傷等，為應用最早的人體系統，目前積累了豐富的經驗，對病變的定位、定性診斷較為準確、及時，可發現早期病變。
2、心血管系統：可用於心臟病、心肌病、心包腫瘤、心包積液以及附壁血栓、內膜片的剝離等的診斷。
3、胸部病變：縱隔內的腫物、淋巴結以及胸膜病變等，可以顯示肺內團塊與較大氣管和血管的關係等。
4、腹部器官：肝癌、肝血管瘤及肝囊腫的診斷與鑑別診斷，腹內腫塊的診斷與鑑別診斷，尤其是腹膜後的病變。
5、盆腔臟器;子宮肌瘤、子宮其它腫瘤、卵巢腫瘤，盆腔內包塊的定性定位，直腸、前列腺和膀胱的腫物等。
6、骨與關節：骨內感染、腫瘤、外傷的診斷與病變範圍，尤其對一些細微的改變如骨挫傷等有較大價值，關節內軟骨、韌帶、半月板、滑膜、滑液囊等病變及骨髓病變有較高診斷價值。
7、全身軟組織病變：無論來源於神經、血管、淋巴管、肌肉、結締組織的腫瘤、感染、變性病變等，皆可做出較為準確的定位、定性的診斷。
