疫苗製備不同：甲肝減毒活疫苗(HepA-L )通過細胞培養進行減毒，最後在二倍體人胚肺成纖維細胞內增殖;甲肝滅活疫苗是用甲肝病毒(HAV)在人類免疫原細胞中增殖，細胞溶解物純化後，HAV 開始甲醛滅活。
作用機制不同：甲肝減毒活疫苗可刺激機體產生細胞免疫和體液免疫，產生持久的保護性;甲肝滅活疫苗只能產生體液免疫，需接種2劑。
接種方式不同：甲肝減毒活疫苗於孩子18月齡時接種，為皮下注射，接種一劑次;甲肝滅活疫苗為肌內注射，需接種2劑次，分別為18月齡、24月齡(間隔≥6個月)。
費用不同：甲肝減毒活疫苗是國產的，已納入國家免疫規劃，免費為我國兒童接種;滅活疫苗有進口和國產，是收費的。
總之，兩種類型的甲肝疫苗都具有很好的保護效果，世界衛生組織在最新的甲肝疫苗立場文件中已對我國的甲肝疫苗進行了認可，相信不久可以出口到其他國家。
