1.治療原則主要是對症處理:
(1)口服B族維生素，如維生素B1、維生素B2、維生素C;
(2)嘔吐難以進食者給予輸液。當口腔因有糜爛吃東西困難時，可以給予易消化的流食，飯後漱口。
(3)口腔潰瘍給予青梅散、金黴素魚肝油或錫類散外塗，疼痛劇烈塗以利多卡因或苯佐卡因加硼砂甘油，促使糜爛面早日癒合。 並保持局部清潔，避免細菌的繼發感染。
(4)皮膚皰疹有繼發感染者塗以1%甲紫;
(5)服用抗病毒的藥物，如病毒唑、病毒靈等。若伴有發熱時，可以用一些清熱解毒的中藥。
2.手足口病可能結合心肌炎、腦炎、腦膜炎等病症，應及時進行治療。
(1)併發腦膜炎者按照腦膜炎治療
(2)併發心肌炎者按照心肌炎治療。
3.中藥方劑：
(1)雙花防毒飲
方劑：金銀花10g，野菊花10g，蚤休15g，茯苓10g，甘草3g。
製法：上藥加水300ml，浸泡30分鐘，以武火(大火)煎煮沸騰，改用文火(小火)煎煮15分鐘，煎成藥液150ml。每日1劑，藥液分2～3次服，連續服用7～10天。3歲以下嬰幼兒可減量服用。
(2)對急性期出現低熱或無發熱，流涕咳嗽，咽紅疼痛，或納差惡心，可用“銀翹散”方劑;
(3)高熱持續，口腔、手足、臀部、四肢皰疹分佈稠密，可用“清瘟敗毒飲”方劑;對出現高熱不退，頻咳氣急等併發症，可用“己椒藶黃丸合參附湯”方劑。
(4)治療口疼牙齦腫：可用板藍根10克，黃芩、白蘚皮各6克，雙花3克，竹葉、薄荷各2克，煎水含漱。
(5)在疾病康復期，對於口乾咽痛的孩子可在沙參麥冬湯方劑裡，加生地黃、蘆根養陰生津，清熱潤咽。
