1.直接免疫熒光法將特異的衣原體單克隆抗體用熒光素標記後檢測標本中的衣原體抗原，如標本中有衣原體，則和抗體結合，在熒光鏡下可見蘋果綠色的熒光，一張塗片中衣原體數在10個以上時為陽性，特異性>97%，敏感性為70%～92%。
2.酶聯免疫法用光譜測相儀檢測泌尿生殖道中的衣原體抗原，發現顏色改變為陽性，24小時獲得結果，敏感性為60%～90%，特異性為92%～97%。
3.沙眼衣原體培養沙眼衣原體為專性細胞內寄生物，只有在活細胞中才能生長繁殖，常用於衣原體培養的細胞是McCoy細胞和Hela229細胞，特異性為99%～100%，敏感性為68.4%～100%，是目前診斷沙眼衣原體的金標準。沙眼衣原體是在柱狀上皮細胞內寄生的微生物，合適的培養標本是應用拭子從距尿道內口2～4mm以內的尿道內取出，而不是取尿道口的分泌物或尿液作培養。
