本病潛伏期為6周～6個月，一般為3個月。從肝炎病毒入侵到臨床出現最初症狀以前，這段時期稱為潛伏期。潛伏期隨病原體的種類、數量、毒力、人體免疫狀態而長短不一。
1.全身表現患者常感身體乏力，容易疲勞，可伴輕度發熱等。失眠、多夢等可能與此有關。
2.消化道表現肝炎時，肝功異常，膽汁分泌減少，常出現食慾不振、噁心、厭油、上腹部不適、腹脹等。
3.黃疸病情較重時，肝功能受損，膽紅素的攝取、結合、分泌、排洩等障礙，血液中膽紅素濃度增高。膽紅素從尿液排出，尿液顏色變黃，是黃疸最早的表現。血液中膽紅素濃度繼續增加，可引起眼睛、皮膚黃染。由於膽汁酸的排出障礙，血液中膽汁酸濃度增高，過多的膽汁酸沉積於皮膚，刺激末梢神經，可引起皮膚瘙癢。
4.肝區疼痛慢性乙肝一般沒有劇烈的疼痛。部分患者可有右上腹、右季肋部不適、隱痛、壓痛或叩擊痛。如果肝區疼痛劇烈，還要注意膽道疾病、肝癌、胃腸疾病的可能性，以免誤診。
5.肝脾腫大由於炎症、充血、水腫、膽汁淤積，患者常有肝臟腫大。晚期大量肝細胞破壞，纖維組織收縮，肝臟可縮小。急性肝炎或慢性肝炎早期，脾臟無明顯腫大，門靜脈高壓時，脾臟淤血，可引起脾臟腫大。
6.肝外表現慢性乙肝，尤其是肝硬化患者面色黝黑晦暗，稱肝病面容。手掌大、小魚際顯著充血稱肝掌。皮膚上一簇呈放射狀擴張的形如蜘蛛的毛細血管團稱蜘蛛痣，其他部位也可出現。男性可出現勃起功能障礙，對稱或不對稱性的乳腺增生、腫痛和乳房發育，偶可誤診為乳腺癌;女性可出現月經失調、閉經、性慾減退等。這可能與肝功能減退，雌激素滅活減少，體內雌激素增多有關。
7.肝纖維化慢性乙肝炎症長期不愈，反覆發作，肝內纖維結締組織增生，而其降解活性相對或絕對不足，大量細胞外基質沉積下來形成肝纖維化。如果肝纖維化同時伴肝小葉結構的破壞(肝再生結節)，則稱為肝硬化。臨床上難以將兩者截然分開，慢性肝病由肝纖維化到肝硬化是一個連續的發展過程。
