錯頜畸形病因學的研究，對錯合 畸形的矯治設計和預防有重要價值。在錯頜畸形的矯治中，病因的分析，與矯治方針的設計和判斷預後都有密切的關係。臨床上，錯頜畸形通常表現為與正常的生長和形態範圍變化甚大。它的形成因素和機制是錯綜複雜的。其發生的過程，可能由單一因素及單一機制在起作用，也可能是多種因素或多種機制共同作用的結果，難以區分主次。錯頜畸形的病因大體分為先天因素和後天因素兩大類，但是要確定某一錯合主要是遺傳因素或環境因素，還是二者兼而有之是較難的。這些因素影響或作用於頜面部骨骼、牙列、神經肌肉和咀嚼系統軟組織的生長髮育，使其發生異常改變繼而形成錯頜畸形。
遺傳因素 種族演化 個體發育
環境因素 錯頜畸形的病因，除遺傳因素之外，還有環境因素。環境因素(environment)可分為先天因素和後天因素。它們之間相互聯繫，不能截然分開。而且，環境因素和頜面部的功能是密切相關的。
先天因素 包括母體因素、胎兒因素以及常見的發育障礙及缺陷(多生牙、先天性缺失牙、牙大小形態異常等)。
後天因素 例如某些急性及慢性疾病、佝僂病、營養不良等。
功能因素 例如吮吸、咀嚼、呼吸功能異常。
口腔不良習慣 常見吮指習慣、唇舌習慣以及偏側咀嚼習慣。
乳牙期及替牙期的局部障礙 乳牙早失、滯留，恆牙早失、早萌以及萌出順序紊亂。
