基本上扁桃體炎本身是很良性的疾病，不過，問題會出在病原菌本身、感染的嚴重度和機體抵抗力的強弱。如果這致病菌只是造成扁桃體的局部感染，感染病程過去就沒事了。但有的致病菌會有全身性的影響，就可能有較複雜的病程或不好的後遺症，如關節炎、腎炎、心肌炎、心內膜炎等。
扁桃體炎的發病形式很直接，眼見為憑，可目視扁桃體的狀況。讓患兒張大嘴巴，觀察扁桃體及口咽的變化則可以知道是否有扁桃體炎。不過醫生除了要診斷是不是扁桃體炎之外，另一個重要工作是要區分到底是細菌性感染還是病毒性感染，有沒有全身性感染，會不會有其他併發症。通常細菌性疾病可能需要使用抗生素治療，而病毒性疾病則不需要抗生素，有需要的話可以抽血檢查來幫助診斷。
這些感染都具有傳染性，所以孩子有扁桃體炎，若可以的話應儘量不出門，嚴重的患兒要多休息並攝取適當的水分。有些孩子經常反覆感染，扁桃體變得比一般腫大，也有些人先天就較大，經常感染後更大。有時會影響呼吸，或造成睡覺時鼾聲很大、甚至影響睡眠質量，可考慮做扁桃體切除手術。
扁桃體發炎和個人的體質因素、環境因素、遺傳因素等有關係。有些人長期扁桃腺慢性炎症以後，就會出現超免疫的狀態，產生免疫複合物，從而引起腎小球腎炎、風溼性心臟病、風溼性心肌炎、關節炎等疾病。所以說，此病說小不小，說大不大，應當引起足夠重視!
