扁平疣西醫治療：
1、手術切除治療扁平疣：皮膚科專家不主張手術切除扁平疣的方法。這是因為，手術往往切不乾淨，很容易復發，並且遺留瘢痕，為繼續治療帶來更大難度。
2、腐蝕性藥物治療扁平疣：南通皮膚科專家也不建議用這種方法，因為多數疣在1-2年會自然消退，民間故有"千日疣"一說;且即使使用腐蝕性藥物，疣仍有復發的可能。特別是面部的疣，會留下瘢痕，影響美容。
3、全身治療：聚肌胞，板蘭根肌注或內服左旋咪唑，烏洛托品。
4、局部治療：液氮冷凍或鐳射治療，外用鴉膽子仁，疣必治等。
對數目較多，經久不愈者可口服烏羅託品，0.3～0.6g/次，3次/d，或氧化鎂，0.5g/次，3次/d，可試用α，γ-干擾素，聚肌胞，土貝母等肌肉注射，局部可外用0.5%酞丁安擦劑，干擾素α-2b塗膜劑，1%噴昔洛韋霜，0.025%維A酸(維甲酸)霜等，顏面部慎用激光，冷凍治療，也不用腐蝕性強的藥物，以防色沉斑，瘢痕形成，影響美容，手背部可選用各種物理療法(同尋常疣)。
扁平疣中醫治療：
局部治療：中醫外治可用紫藍方(見尋常疣全身療法)酒浸外搽或用雄黃解毒散加入百部酒外用，亦可用黑色拔膏棍，加溫外貼，5～6天換1次，或用鴉膽子仁搗碎外敷(注意保護周圍皮膚)，亦可用木賊，香附，板藍根，山豆根，煎水泡洗患部。
