都是由肛門進入，直腸鏡是利用一條長約20CM直管，末端裝有一個光源帶微型電子攝影機，由肛門慢慢進入直腸，以檢查直腸部位之病變，腫瘤或潰病，如有需要可取組織檢驗;結腸鏡一般是纖維結腸鏡，較長，由肛門慢慢進入到結腸，檢查結腸部位病變、腫瘤或者潰瘍等，二者主要區別在於檢查部位不同
腸鏡檢查是經肛門將腸鏡循腔插至回盲部，從黏膜側觀察結腸病變的檢查方法。是診斷大腸粘膜病變的最佳選擇，它是通過安裝於腸鏡前端的電子攝像探頭將結腸粘膜的圖像傳輸於電子計算機處理中心，後顯示於監視器屏幕上，可觀察到大腸粘膜的微小變化。
腸鏡檢查是發現腸道腫瘤及癌前病變最簡便、最安全、最有效的方法。但畢竟內鏡檢查是一種侵入性檢查方式，有一定的不適和併發症，因此，有不少人畏懼這種檢查，致使一些大腸病變甚至腫瘤不能早期確診，而延誤最佳治療時機。隨著麻醉藥品和醫療監護技術的進步，出現了無痛腸鏡檢查。其實質就是在檢查前經靜脈注射一種起效快、有效時間短、作用確切的麻醉藥物，使患者在數秒鐘內入睡，完成全部檢查後早期即能甦醒，檢查過程中不會有任何的不適和痛苦感覺，因此越來越受到患者的喜愛。但腸鏡檢查也存在不足之處，如麻醉意外、有時麻醉復甦過程較長、費用較貴等。
肛門鏡屬於腸鏡的一種，只是觀察的部位比較淺，只能看肛門和直腸的部位，所以叫肛門鏡，腸鏡主要用於觀察整個結腸用的，同時也能看肛門和直腸。如果是考慮疾病在肛門附近，用肛門鏡即可，如果考慮疾病位置比較深究需要用腸鏡了，而且肛門鏡不需要準備腸道，而腸鏡需要準備腸道。
