早孕試紙只能確定是否懷孕，但是不能確定懷孕的種類，也就是說不能判斷出是宮內孕還是宮外孕。
早孕試紙測試的是尿中的HCG激素，HCG是由滋養細胞產生，是孕婦體內特有的一種激素，在沒有懷孕的女性的尿液中是不會檢測到的，如果說尿中存在HCG激素，那麼早孕試紙就會呈現陽性反映，早孕試紙就是通過檢測這種激素的存在來判斷是否懷孕。
近年來宮外孕的發生率很高，為了確保女性安全，宮外孕的判斷是需要在醫院做B超之後確定的，需要看孕囊的著床位置是否在子宮內才能作出診斷。如果人們通過自測知道自己懷孕而不清楚是否為宮外孕的話，最好到醫院做個檢查確診。
另外，早孕試紙也不是100%準確的。比如在病理情況下，如宮外孕、葡萄胎或絨毛膜癌等，也會出現陽性反應。並且，早孕試紙雖號稱具有99%的準確率，但在沒有醫生指導的情況下，一般測試結果只能達到50%-75%的精確率。因此，早孕試紙不但不能確定是否為宮外孕，甚至有時都不能準確判斷是否懷孕。
