治療的目的是為了減輕臨床症狀及避免後遺症發生，同時應注意避免醫源性併發症的產生。
1.一般治療
脫離變應原是最為理想有效的治療手段。應儘量避免與可能的變應原接觸。如清除房間的破布及毛毯，注意床上衛生，使用殺蟲劑消滅房間的蟲蟎，在花粉傳播季節避免接觸草地、樹花等，停戴或更換優質的接觸鏡與護理液。眼瞼冷敷可以暫時緩解症狀。
2.藥物治療
(1)抗組胺藥抗組胺藥通常局部使用，常用的滴眼液有0.1%的依美斯汀、0.05%的Levocabastine、0.1%的Olopatadine及0.5%的Ketorolac。如果有眼外症狀，可以口服使用，不過其效果不如局部用藥。常用口服藥物有苯海拉明、氯苯那敏、異丙嗪等。抗組胺藥與血管收縮劑聯合使用，往往可以取得更好的治療效果如潤潔那素達等。
(2)肥大細胞穩定劑常用的有色甘酸二鈉及奈多羅米等。肥大細胞穩定劑的總體治療效果雖不及抗組胺藥，但其對抑制流淚似乎更有效。最好在接觸過敏原之前使用。
(3)非甾體類抗炎藥在過敏性疾病發作的急性階段及間歇階段均可使用，對緩解眼癢、結膜充血、流淚等眼部症狀及體徵均顯示出一定的治療效果，它還可以減少激素的使用劑量，常用的有吲哚美辛(雙氯芬酸鈉)、阿司匹林等。
(4)血管收縮劑局部使用的常用藥物有腎上腺素萘甲唑林、羥甲唑林、四氫唑林等，可改善眼部不適，減輕眼表充血。
(5)糖皮質激素嚴重的過敏性結膜炎使用其他藥物治療無效時才考慮使用，且使用時間不宜太長，以免引起白內障、青光眼單胞病毒感染、真菌感染及角膜上皮癒合延遲等併發症。常用的有地塞米松、倍他米松及氟米龍等。
(6)免疫抑制劑主要有環孢黴素A及FK506對於一些嚴重的需要使用激素的春季角結膜炎病例，局部應用2%的環孢黴素A可以很快控制局部炎症及減少激素的使用量。但是，在停藥後易復發。
3.脫敏治療
此法主要用於季節性過敏性結膜炎，對於其他亞型的過敏性結膜炎，其治療效果往往並不理想，因而很少採用。
4.冷凍療法
此法主要用於春季角結膜炎。冷凍治療常用於上瞼結膜，將溫度降至-80℃～-30℃，持續30秒。冷凍治療可以重複使用2～3次。
5.心理治療
眼過敏性疾病是一種急性或慢性的反覆發作性疾病，徹底根治常常非常困難。因此對一些患者造成較大的心理壓力。特別是一些春季角結膜炎的患兒，可能會出現一定的心理障礙，應加以注意。
