黃晶與水晶的原料區分較為容易。黃晶的柱狀晶面上有縱的條紋，而水晶則是橫的條紋。而對末鑲嵌的飾為天然黃水晶而非黃晶品，比重(手感)也可作為區分的依據，黃晶的比重在3.49以上，而黃色水晶只有2.65左右;用手掂，黃晶有“墜”手的感覺，水晶則較輕。當然，黃晶寶石的光澤柔和，而水晶的光澤則較“冷”，尖銳，依此也可區分。
肉眼區別黃晶與碧璽，最重要的是碧璽有較強的二色性，而黃晶除粉紅色者外，其他色的黃晶二色性都弱;另外，碧璽的雙折射強，往往可見雙影。
藍色黃晶與海藍寶石的區別 ，一般情形是較為困難的，可以作為參考的特徵是：藍色海藍寶石往往帶些黃綠色的色調並具輕微的二色性， 比重較輕。確切鑑定要用折光儀等來測定。玻璃與黃晶除光澤和偏光性不同外，黃晶是天然晶體，具有良好的傳熱性，因而有冰冷的感覺，而玻璃則是“溫”的。在放大條件下，黃晶有時可見到一種互不相溶的液體組成的氣液包裹體，而玻璃內往往含圓球形的氣泡，這點可作為輔助證據。
