男性小便刺痛症狀一般有尿道刺癢、有燒灼感和排尿疼痛，少數有尿頻尿道口略微發紅。晨起尿道口有少量粘液性分泌物或僅有痂膜口，或褲襠汙穢及在小便時會出現尿流分叉的現象。有些患者需要用手用力擠壓才能有分泌物從尿道口溢出。症狀與淋菌性尿道炎相似，但程度較輕。部分患者無症狀。患者同時發生淋病雙重感染。
非淋菌性尿道炎40%---50%的是由沙眼衣原體沙眼生物變種，20%---30%是由解脲支原體引起。那麼與人類有關的支原體有肺炎支原體、人型支原體、生殖道支原體。對支原體、衣原體可存在於健康攜帶者中。解脲支原體有分解尿素成氨的性能，對細胞有毒作用。支原體因無細胞壁，對於擾細胞壁的抗生素如青黴素等耐藥。
