腦中風恢復期和後遺症期最好的治療應該是以大複方道地取材的現代中藥為主，中藥治療腦中風這種慢性疾病，具有無耐藥性、藥效持久、安全適合長期服用的優勢，但缺點是質量不穩定，服用劑量大。
(1)活血化瘀治療：是臨床應用廣泛的中醫療法，活血化瘀法曾獲得國家科技進步一等獎。它具有抗動脈硬化形成，血栓形成的作用，能夠增加腦血流量，有利於梗塞病灶周圍血腫水腫的吸收，改善臨床症狀。不適用於急性期治療，以治本為主。
(2)芳香開竅治療：以開通見長，能夠疏通經絡、理氣活血，臨床治療腦中風導致的頭痛，肢體疼痛效果明顯。芳香開竅中藥(如麝香)能透過血腦屏障直達病灶，起效迅速，療效確切。
(3)活血化瘀、芳香開竅雙重治療：該治療方法被公認是中醫臨床治療方法，應用此法的中成藥物能夠對腦中風總體病因血液病變及血管病變同時起效，利用方中動物類、植物類和香類藥上百種有效成份的配伍及協同作用，達到增效減毒、抗耐藥性等多靶點治療效果。具有抑制血小板聚集，高效抗凝，降低血漿粘度和血漿脂質過氧化物，使血液中的脂質物質不易在動脈堆積形成血栓的作用;並且能加速血氧自由基的清除，對已生成的動脈壁上的脂質物質能夠有效清除，防止動脈粥樣硬化形成，為腦組織創造一個良好的內環境;同時能夠增加動脈血流量，提高腦組織的耐缺氧能力，保護血管壁內皮細胞，使其不易受損，預防血栓形成;恢復腦神經系統，使其控制的運動、語言等神經系統體徵得以改善，達到對腦中風誘因全面治療的目的。
西藥治療
西藥治療腦中風靶點單一，並且多數西藥，包括阿司匹林都有不同程度的耐藥性，而絕大多數西藥的副作用明顯，對胃腸、肝腎造成不同程度的損傷。所以在腦中風急性發作期多以西藥治療為主，但不適合在恢復期和二級預防期長期服用。
(1)抗血小板聚集類：優點是能抑制血小板聚集，從而起到防止血液凝固，進而預防腦中風的作用。美國試驗結果顯示阿司匹林使首次腦中風發生率下降24%，是目前腦梗死防治中的最基本用藥之一;缺點是47%的阿司匹林服用者都會產生抗藥性，長期服用會產生腦、胃出血危險。代表產品：阿司匹林、氯吡格雷
(2)鈣離子拮抗劑：優點是成分較純，療效比較好，起效比較快;缺點是急性期應用有引起“盜血”的可能，會導致症狀加重。長期應用對腦中風需要長期用藥防治復發的中老年患者有一定副作用。代表產品：尼莫地平
