引起傳染病的病原微生物有病毒、立克次體、支原體、細菌、真菌、寄生蟲等。這些病原體的生物學特性不同，引起病變的機制不同，侵襲的器官也不同。病原體侵入機體的途徑不同，如經皮膚、粘膜或由血液擴散至體內。有的病原體長期潛伏，有的進入體內即生長繁殖，產生對機體有害的物質，影響機體局部或全身的功能和形態變化，引起疾病。
機體對入侵的病原體多有積極的反應。皮膚、粘膜對於病原體是第一道屏障，不但具有機械的隔離阻擋作用，尚有其它因素作用於病原體，其分泌物的各種酶和分解產物，均不利於病原體的繁殖和侵襲。病原體進入體內後，機體的免疫應答系統即積極反應，調動細胞免疫和體液免疫，同時引起局部或全身的炎症反應。不同病原體引起病理改變的基本性質屬於炎症範疇。因此傳染病的局部和全身反應的變化規律和炎症的規律基本相同。隨著病變的發展，臨床也出現潛伏期、前驅期、發病期和愈復期。病變發展過程和病程及病原體的數量、毒力以及機體免疫功能和藥物治療有明顯的關係。機體抵抗力強和治療得當可以縮短病程和減輕損傷，否則病原體繁殖、播散，可造成嚴重的後果。
病原體引起細胞病變的機制不同，其方式有三：病原體進入細胞內，直接引起細胞死亡;病原體釋放內毒素或外毒素殺傷細胞，或釋放酶降解組織成分，或損傷血管引起缺血性壞死;病原體引起機體免疫反應，進而由於免疫介導機制引起組織損傷。
