男子性功能障礙的治療應非常個體化，企圖用一個模式治癒所有病例是不現實的，甚至會產生副作用，使病人失去信心。因他們的病因各自不同。此外應當強調性生活是夫妻雙方共同的生理過程，有性功能障礙者經常需要夫妻雙方接受治療。
(一)器質性病因治療男子性功能障礙由於器質性病因者，無論是生殖器官的局部解剖異常或內分泌性、血管性、神經性病變，均應明確，並根據可能給予針對性治療。
因藥物引起的性功能障礙應從病史中明確並停用該藥物。
器質性性功能障礙病人往往並存精神因素，對他們的精神心理治療同樣不可忽視。
(二)精神心理治療
1. 性教育和性諮詢性教育指通過個別談話、書籍、電影或其他教育手段給病人以正確的性知識，包括性解剖和性生理知識，消除有關性行為和性感受的偏見。性諮詢則偏重於指導和鼓勵，給病人處理特殊問題的具體建議，鼓勵自我或與配偶共同完善性過程。許多病人通過性教育和性諮詢瞭解了自己的癥結所在，消除了無根據的憂慮，性功能障礙會逐漸消除或甚至霍然而愈。
2.性感集中訓練多數陽痿患者有性交恐懼特點，這是一種性焦慮。停止一階段性交和避免性接觸可能對他們消除性焦慮有益。妻子的態度應非常寬容和合作，任何奚落或冷淡，只能加劇病情。在這個基礎上進行性感集中訓練可能產生良好的治療效果。性感集中訓練旨在減少憂慮，避免不必要的精神負擔，加強性感受。通過夫妻愛撫和自如地撫摸將注意力集中在肉體感上而不進行性交。無性交企圖，沒有精神負擔，反而出現陰莖勃起。經反覆刺激獲得足夠勃起功能時，雙方再將性感集中原理擴大到生殖器接觸，然後採取女上位姿勢，由女方將陰莖插入陰道。這樣男方注意力分散的因素得以消除，有可能完成性交過程。
對精神性不射精或早洩病例，性感集中原理同樣適用。當生殖器接觸階段，鼓勵女方有意地按需要方式刺激陰莖，首先讓妻子用手刺激引起射精，一旦成功即推薦用女方上位姿勢進行性交，或當有射精緊迫感時再將陰莖插入陰道，往往一次成功即可獲得或恢復陰道內射精功能。對早洩病例可教女方在性感集中進入生殖器接觸階段應用"捏擠法"，即女方將拇指放在陰莖繫帶部位，食指與中指放在背側冠狀溝上下，用指腹穩捏壓迫陰莖數秒鐘，然後突然放鬆，幾分鐘1次，藉此緩解射精緊迫感，改善射精抑制，延緩快速射精傾向。
(三)藥物治療對功能性興奮型性功能障礙如早洩、遺精等可用溴劑或魯米那等鎮靜劑。在陰莖頭塗搽油膏或冷霜劑型的局部麻醉藥，或25%硫酸鎂5～10ml每日或隔日肌注，對某些早洩病例有一定效果。氯丙咪嗪25mg1天3次治療早洩也有一定療效。
對不射精病例，麻黃素50mg睡前服用有治療效果。電按摩刺激對某些病例有一定效果。
對緊張度差的病例可試用士的寧、卵磷脂等治療，或選用助陽、固澀和補氣中藥治療。
除非內分泌缺乏病例，濫用男性激素無益，但對某些病例短期使用男性激素，藉以加強精神心理療法作用可能有一定效果。因非腦垂體功能紊亂所致的低血清睪丸酮出現的陽痿，應用庚酸睪酮200mg每2～3周1次效果好。對高催乳素性陽痿選用溴隱停2.5mg1日3次治療。
β腎上腺素能受體興奮劑苯氧丙酚胺(isoxsuprine)10～20mg1日3次或/和突觸前α2受體阻滯劑育亨賓 (yohimbine)5.4～6mg1日3次，減少海綿體組織血液流出量，並增加性慾，對某些器質性陽痿病例有一定效果。有時對單藥治療無效應，兩藥並用可取得療效。
罌粟鹼60mg陰莖海綿體內注射可引起動脈擴張、靜脈收縮和竇狀隙開放，對激素性或神經性陽痿有良好效應，5分鐘內可致陰莖勃起，持續超過60分鐘之久。對輕型精神性陽痿也有好結果，經過幾次治療可明顯樹立自信心因而治癒。但對血管性陽痿效果差。加用酚妥拉明可進一步增加動脈血流而對靜脈影響不大，可減少罌粟鹼劑量，因此減少痛性勃起和海綿體纖維化的嚴重併發症。一般劑量為罌粟鹼30mg和酚妥拉明1mg一側或分側陰莖海綿體內注射，每月1次。
(四)助陽器 應用助陽器，藉助負壓作用使陰莖充血勃起，可應用於某些陽痿病例。
(五)手術治療 主要有血管重建手術和陰莖假體植入兩大類。
1.血管重建術應用於血管性陽痿，包括大血管重建術(旁路手術、動脈內膜切開術和經皮腔內血管再通術)和陰莖海綿體血管重建術。將腹壁下動脈或股動脈，或直接吻合於陰莖海綿體或吻合於陰莖背動脈或陰部內動脈。迄今血管重建手術療效尚不滿意，尤其是遠期療效更不理想。
2.陰莖假體植入因糖尿病，陰莖嚴重創傷，骨盆骨折，血管或神經性疾病以及各種手術後導致的陽痿皆可考慮陰莖假體植入。目前國外應用的假體主要有兩大類型，即半硬性海綿狀硅膠假體和水流動力裝置的膨脹性硅膠假體。主要併發症有感染、疼痛和局部腫脹。兩類假體各有其優缺點。
前者手術簡單易行，但術後感染、假體脫出或需手術摘除相對較多，且假體植入後陰莖呈持續半勃起狀態，以致產生精神煩惱和體質上的不適。後者手術複雜，但不易引起組織糜爛及穿孔，只在性生活時才勃起，病人及其配偶樂於接受。主要併發症常由機械失靈所致。
