直徑小於0.4釐米的輸尿管結石，一般以藥物治療為首選。這些藥物可以擴張輸尿管，讓結石排出。排石時間以2至3周為限。如果3周後，結石仍未排出或排石過程中反覆出現腎絞痛、發熱等情況，就需要泌尿外科干預了。
對輸尿管上段，直徑0.6至1釐米的結石，一般首選體外衝擊波碎石。
這種治療方法是將衝擊波聚焦於結石，經過約2000次的衝擊打碎結石，整個治療過程有輕微疼痛的感覺，不過不需要麻醉。這個技術已在臨床上實際應用了20多年，療效確切，安全性好。碎石後再加上中草藥排石，結石清除率會比單純藥物治療要好。
對輸尿管下段結石，體外衝擊波碎石可能對生殖系統、腸道等造成損傷，且碎石成功率較低，所以，一般首選輸尿管鏡碎石取石。方法是將一根筷子粗細的內窺鏡通過尿道、膀胱和輸尿管到達結石部位，藉助攝像頭及顯示屏，粉碎結石並取出。這是沒有手術切口的手術，術後一般住院2至3天。
對輸尿管上段，直徑大於1.2釐米的結石，一般多選擇腹腔鏡下輸尿管切開取石。
