① 遺傳因素：一些患兒的直系親屬或旁系親屬中也有類似的畸形發生。大約20%的唇顎裂患兒可以追溯到遺傳史。
②感染和損傷。母親患有病毒性感染，如流感或風疹，或在懷孕早期（2個月左右）受過某種傷害，可能是唇顎裂的原因。
③母親在懷孕期間患有慢性疾病，如貧血、糖尿病或嚴重的營養失調。
④懷孕期間服用某些藥物：如鎮靜劑、抗癲癇藥和激素類藥物。
⑤母親在懷孕期間接觸過高劑量的X射線。
⑥在實驗性動物研究中發現，缺乏維生素A、維生素B和泛酸、葉酸等食物成分的小鼠，會產生包括F型裂縫在內的各種裂縫，目前還不清楚人類是否也會因缺乏這些物質而發生先天性唇顎裂畸形。然而，有人對一些生有唇顎裂孩子的母親進行了調查，有些母親在懷孕早期由於妊娠嘔吐或偏食，導致鈣、磷、鐵以及維生素B、維生素C和維生素D的明顯缺乏。所以孕早期的營養缺乏可能是發病的一個誘因。
⑦藥物和化學因素 當今人類應用了大量的化學物質，如藥物、食品添加劑、調味品、化妝品等；人類生活環境中也有越來越多的工業汙染，如大氣、水等，都可能影響人類生活環境，損害人類健康，更嚴重的可能誘發人類胚胎髮育畸形。目前認為，有六大類藥物與先天性唇顎裂畸形的發生有關：激素、抗毒劑、烷化劑、抗生素、維生素和鎮靜劑。
⑧ 感染性和損傷性因素 母體在妊娠早期對病毒感染過敏，可能會影響胚胎的發育，導致唇顎裂或面裂畸形。已有研究表明，風疹病毒可明顯導致唇顎裂乙狀結節。此外，母親在懷孕早期受到的任何傷害，特別是那些能對子宮及其附近地區造成損害的傷害，都會影響胚胎的發育，並可能成為唇顎裂的誘因。
