臨床應用阿莫西林的不良反應發生率約為5-6%，因反應而停藥者約2%。其主要不良反應有：
1.過敏反應症狀 可出現藥物熱、蕁麻疹、皮疹等，尤易發生於傳染性單核細胞增多症者。少見過敏性休克。
2.消化系統症狀 多見腹瀉、噁心、嘔吐等症狀，偶見假膜性結腸炎。
3.血液系統症狀 偶見嗜酸粒細胞增多、白細胞減少、血小板減少、貧血等。
4.皮膚粘膜反應 偶見斑丘疹、滲出性多形性紅斑、Lyell綜合徵、剝脫性皮炎。
5.肝、腎功能紊亂 少數患者用藥後偶見血清轉氨酶升高、急性間質性腎炎。
6.其它 長期使用本藥可出現由念珠菌或耐藥菌引起的二重感染。7靜脈注射量大時可見驚厥、嗜酸性粒細胞增多。
