腔道出血 嘔血、便血最為常見，可引起繼發性休克。腹腔出血、鼻腔和陰道出血等均較常見。
中樞神經系統併發症 包括髮病早期因病毒侵犯中樞神經而引起腦炎和腦膜炎，休克期和少尿期因休克、凝血功能障礙、電解質紊亂和高血容量綜合徵等引起的腦水腫，高血壓腦病和顱內出血等，可出現頭痛、嘔吐、神志意識障礙、抽搐、呼吸節律改變或偏癱等。CT檢查有助於以上診斷。
肺水腫 是本病常見的合併症，臨床上有兩種情況。
急性呼吸窘迫綜合徵(ARDS)：這是肺毛細血管損傷，通透性增高使肺間質大量滲液，此外肺內微小血管的血栓形成和肺泡表面活性物質生成減少均能促成 ARDS。臨床表現為呼吸急促，30～40次/min。早期沒有明顯發紺和肺部音，中期可出現發紺，肺都可聞及支氣管呼吸音和乾溼?音。X線胸片，可見雙側斑點狀或片狀陰影，肺野外帶陰影濃，而邊緣薄，呈毛玻璃樣。血氣分析動脈氧分壓(Pa02)降低至8.0kPa(60mmHg)以下，並進行性降低。肺泡動脈分壓明顯增高，達4.0kPa(30mmHg)以上。常見於休克期和少尿期。新近美國報告發生在新墨西哥州等地的漢坦病毒肺綜合徵，以ARDS為主要表現。常於發病第2～6天內因呼吸窘迫導致急性呼吸衰竭而死亡。
心力衰竭：可以由肺毛細血管受損，肺泡內大量滲液所致，亦可由高容量或心肌受損所引起，主要表現為呼吸增快，咳泡沫樣粉紅色痰，發紺和滿肺?音。
胸腔積液和肺不張 普馬拉病毒引起的出血熱多見，Kanerva對125例PUUV引起的HFRS患者進行檢查，發現28%的患者存在胸膜積液或肺不張，而肺水腫罕見。這些患者均有較明顯的低蛋白血癥，因而認為毛細血管漏出及炎症可能是肺部異常的原因。
繼發感染 多見於少尿期和多尿早期，以肺部和泌尿系感染以及敗血症多見，為免疫功能下降和導尿等操作所致，易引起繼發性休克而使病情加重。
自發性腎破裂 多發生於少尿期，由於嚴重腎髓質出血所致。常因噁心、嘔吐或咳嗽等，使腹腔或胸腔壓力突然升高，引起腎血管內壓力升高而促進出血。突然坐起或翻身，使腰大肌急劇收縮，腎臟受擠壓亦易引起腎破裂。臨床表現為患者突感腰部或腹部劇痛，嚴重者血壓下降，冷汗淋漓。若血液滲入腹腔，可出現腹膜刺激徵，腹穿有鮮血。 B超檢查能發現腎周圍及腹腔包塊中有液平段。如能及時手術能降低病死率。
心臟損害和心力衰竭 漢坦病毒能侵犯心肌，而引起心肌損害，臨床上常見為心動過緩和心律失常。由於高血容量綜合徵、肺水腫等使心肌負擔過重，因而可出現心力衰竭。
肝損害 4%～60%患者ALT升高，少數患者出現黃疸或明顯肝功能損害，肝損害以SEOV感染多見。是病毒損害肝臟所致。
高滲性非酮症昏迷 極少數HFRS患者在少尿期或多尿期出現表情淡漠、反應遲鈍、嗜睡甚至昏迷。檢查血糖明顯升高，常大於22.9～33.6mmol/L，血鈉>145mmol/L，尿酮陰性，血漿滲透壓>350mmol/L。這是HFRS患者胰腺β細胞受病毒侵犯使胰島素分泌減少，或過量使用糖皮質激素、靜脈補糖、補鈉過多和過度利尿導致脫水所致。
