病毒性結膜炎是高度接觸傳染的和由飛沫,汙染物傳播以及由手接種到眼。為避免交叉感染,檢查病人後醫師必須徹底洗手和消毒所用的器械。囑咐病人在接觸其眼或鼻分泌物後必須徹底洗手,要避免接觸感染眼後去接觸非感染眼。並要避免合用毛巾和枕頭。須去除眼部分泌物且不宜包封患眼。病毒性結膜炎是自限的,輕症病例持續1周,重症病例達3周.如果結膜炎確定是由病毒引起的,則無需治療或治療也是無效的。
如果任一臨床特徵與細菌性結膜炎一致,則病人須局部應用抗生素治療,例如10%磺胺醋酰鈉眼藥水或甲氧苄啶/多粘菌素B,每日4次,共7~10日。嚴重的結膜炎伴有假膜,影響視力的角膜炎症或瘢痕形成則可能需要局部應用皮質類固醇,然而局部應用皮質類固醇可加重眼部單純皰疹病毒感染,可能引起角膜潰瘍形成甚或穿孔。長期應用皮質類固醇可致青光眼和可能引起白內障,故須由眼科醫師啟用和監控皮質類固醇的應用。