首先，HIV-1感染人體後，選擇性的吸附於靶細胞的CD4受體上，在輔助受體的幫助下進入宿主細胞。經環化及整合、轉錄及翻譯、裝配、成熟及出芽，形成成熟的病毒顆粒。在24—48小時內到達局部淋巴結。通常在2-4周左右，人體會產生一些反應，臨床主要有發熱、咽痛、噁心、腹瀉、關節痛、淋巴結腫大及神經系統症狀。多數患者臨床症狀輕微，持續1-3周後緩解。
經過急性期感染，就進入了潛伏期，也就是無症狀期。這個時期約佔感染到死亡整個過程的80%。這時大多數感染者表面上與健康人無區別，只有體內的病毒在與自身的免疫系統相抗爭。無症狀期持續的時間可長可短，少則2年，多的可達20年。其長短和感染途徑密切相關。一般情況下，經血感染者(主要為非法採血與共用注射器)為4~5年，性傳播感染一般為11~13年。如果一個艾滋病感染者的無症狀期能達到13年，就可以被稱為長期生存者了。
隨著潛伏期病毒不斷的摧毀人體大量的免疫細胞，而骨髓通過加速生成的新細胞加以補償，但補充速度永遠趕不上細胞損失的速度。一個正常的體內，每立方毫米血液中約有800至1000個免疫細胞，而艾滋病感染者體內，每立方毫米血液的免疫細胞則以每年50—70個的速度逐漸下降，當免疫細胞減少到在一立方毫米血液中只有200個左右時，下降速度就會加快。當病人進入最後的艾滋病期，CD4+ T淋巴細胞計數明顯下降， HIV血漿病毒載量明顯升高。此期主要臨床表現為HIV相關症狀、各種機會性感染及腫瘤。此時，如果一些平時對一般人的生命不會產生威脅的普通的傳染病如肺炎，一旦此病進入艾滋病感染者體內，就會無法控制，一般會再6-24個月死亡。
艾滋病感染者存活的時間因人而異。除了潛伏期時間不同，發病後艾滋病患者的存活時間主要與其感染的HIV亞型病毒有很大關係：A亞型病毒感染者的平均存活時間為8.8年，而D亞型病毒感染者的平均存活時間降至為6.9年，而D亞型和A亞型病毒的混合感染者的存活時間更短，平均只有5.8年。
如果確診為艾滋病感染者，千萬不可以擅自濫用抗病毒藥，一定要積極配合治療，聽從醫生的治療方案，可以延長潛伏期的時間，和正常人一樣的生活。
