痛經：內異症的臨床特徵為漸進性痛經，是常見而突出的特徵，多為繼發性，即自發生內膜異位開始，患者訴說以往月經來潮時並無疼痛，而從某一個時期開始出現痛經，可發生在月經前、月經時及月經後。有的痛經較重難忍，需要臥床休息或用藥止痛，甚至痛得“滾炕”或撞頭，疼痛常隨著月經週期而加重，月經結束而消失。
月經不調：內異症患者常有月經週期縮短、經量增多或經期延長等現象，說明患者有卵巢功能障礙表現。月經不調可作診斷參考，但在鑑別診斷中並無價值。
性生活痛：當存在於陰道穹窿部異位子宮內膜結節、直腸凹陷結節或粘連，或卵巢粘連在盆底時，均可產生性生活痛。闊韌帶後葉病灶纖維化增生及收縮明顯時，可以外源性壓迫輸尿管，使其狹窄阻塞，亦可能出現泌尿系統症狀，嚴重的可發生輸尿管積水或腎盂積水。
巧克力囊腫：子宮內膜異位症也會發生週期性的脫落和出血。然而，這些血液不能像子宮內的經血一樣可以通過子宮頸口排出，而是被關在異位的局部不斷地積累，引起所在部位的病變，並引起相應的症狀。如果血液積存於卵巢內不能排出，月復一月就會形成一個囊腫，其中血液中的水分就會被吸收，濃縮成咖啡色黏液，因此形成很像巧克力的囊腫。
異位妊娠(宮外孕)：異位的子宮內膜可以引起盆腔粘連，輸卵管運行障礙，受精卵只有在局部種植發育，導致異位妊娠的概率增加。
週期性膀胱刺激症狀：當內異症病變累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌層時，會同時出現經期尿急、尿頻等症狀。若病變侵犯膀胱粘膜(膀胱子宮內膜異位症)則有周期性血尿和疼痛。子宮內膜異位症治療
