1.痛經
痛經是子宮內膜異位症最典型的症狀。可以發生在月經前、月經時及月經後。嚴重階段疼痛難忍，止痛劑加量甚至無效。疼痛由於子宮內膜異位症內部出血刺激局部組織炎性反應引起。子宮內膜異位症病灶分泌前列腺素增加，導致子宮肌肉攣縮，痛經勢必更為顯著。月經過後，出血停止，疼痛緩解。
2.月經異常
可以表現為月經過多或者週期紊亂。造成月經異常多數與子宮內膜異位症影響卵巢功能有關。子宮內膜異位症患者可以發生卵巢功能失調，如排卵異常等。
3.不孕
子宮內膜異位症患者常伴有不孕。原因：子宮內膜異位症常可引起輸卵管周圍粘連影響卵母細胞撿拾;或因卵巢病變影響排卵。
4.性交疼痛
子宮直腸窩、陰道直腸隔的子宮內膜異位症可以引起性交痛(深部觸痛)，經期排便次數增加、疼痛(裡急後重)。
5.其他
膀胱刺激徵：子宮內膜異位至膀胱者，出現有周期性尿頻、尿痛、血尿。腹壁瘢痕及臍部的子宮內膜異位症則出現週期性局部腫塊及疼痛。
