對於複合彩光祛斑的副作用，偶爾會有引起皮膚色素性改變的潛在風險。另外人體個體是有非常大的差異的，少部分人可能會出現色素沉著斑，極少數人可能會出現痤瘡樣發疹和水皰。
另外，複合彩光祛斑偶然會見到光過敏的情況發生，如痤瘡樣發疹、風團等。但持續時間很短。據長期的臨床研究複合彩光沒有致癌作用，因為複合彩光沒有紫外線，而紫外線裡包含致癌光波。彩光祛斑如果治療之後不再維持，皮膚會按照其自然發展進行，不會出現加速老化或松垂現象。
一般治療後並不需要特殊的護理，只需要冷敷半小時左右。術後7—10天內，色斑處出現顏色加深、結痂脫落的過程，應該避免強光暴曬及使用刺激性化妝品，避免強行剝離色素痂皮。彩光祛斑後一週內不要去角質、不要使用含果酸、A酸類護膚品，一定要做好保溼工作，醫生視求美者的具體情況，會建議求美者配合使用表皮細胞再生液(修復肽)及修復面膜，以加速皮膚各種問題的改善。
