1.器質性
（1）腸道器質性病變 腫瘤、炎症或其他原因造成的腸腔狹窄或梗阻。
（2）直腸和肛門病變 直腸內脫垂、痔瘡、直腸前突、恥骨直腸肥大、恥骨直腸分離、盆底疾病等。
（3）內分泌或代謝紊亂 糖尿病、甲狀腺功能低下、甲狀旁腺疾病等。
（4）系統性疾病 硬皮病、紅斑狼瘡等。
（5）神經系統疾病 中樞性腦病、中風、多發性硬化症、脊髓損傷和周圍神經病變。
（6）腸道平滑肌或神經原性病變。
（7）結腸神經肌肉病變 假性腸梗阻、先天性巨結腸和巨結腸。
（8）神經心理學障礙。
（9）藥物因素 鐵劑、阿片類藥物、抗抑鬱藥、抗帕金森病藥物、鈣通道拮抗劑、利尿劑、抗組胺藥。
2.功能性
功能性便秘的病因尚不清楚，其發生與多種因素有關，包括：
（1）由於食物攝入量少或食物缺乏纖維或水分，對結腸運動的刺激減少。
（2）由於工作壓力大、生活節奏快、工作性質和時間的改變以及精神因素，干擾了正常的排便習慣。
（3）結腸運動障礙，常見於腸易激綜合徵，由結腸和乙狀結腸痙攣引起，除便秘外還有腹痛或腹脹，部分患者可表現為便秘和腹瀉交替出現。
（4）腹部和盆腔肌肉張力不足，排便時推進力不足，糞便難以排出體外。
（5）濫用瀉藥，形成藥物依賴，導致便秘。
（6）由於年老、體弱、活動太少、腸道痙攣，或由於結腸過長而導致排便困難。
