男性影響
支原體經尿道感染後患者可出現尿道炎症狀，並可繼發慢性前列腺炎、睪丸及附睪炎，也可引起輸精管梗阻導致無精症。支原體還繼續感染精道、精囊和睪丸，影響精子和精液的質量，引起不育。經觀察發現支原體可通過下述環節引起不育症。
1 .干擾精子運動： 精子運動是健康精子的一項重要功能，是衡量精子能否受孕的重要指標，而且精子的運動必須有一定速度和頻率。支原體或衣原體感染精子後，常常附著在精子的頭部和尾部，使整個精子掛滿了大小不等的附著物，致使精子泳動無力，互相纏繞，導致不育。
2 .精子畸形率增加： 支原體或衣原體感染導致精子畸形率增加是造成不育的另一特徵。據臨床觀察，在這類不育患者中，精子畸形率有時可高達80% 。
3 .破壞生精細胞： 睪丸的曲細精管中有大量生精細胞，這些生精細胞經過發育繁殖形成精子。當支原體或衣原體從尿道、前列腺等部位進入睪丸曲細精管後，會破壞生精細胞，使“生精工廠”產生偽劣產品，導致不育。
女性影響
解脲支原體或衣原體可侵犯尿道、宮頸及前庭大腺，引起尿道炎、宮頸炎與前庭大腺炎;上行感染時，可引起子宮內膜炎、盆腔炎、輸卵管炎，尤其輸卵管炎多見。解脲支原體或衣原體感染造成的女性生殖器官病理性改變，是不孕不育的重要原因。國內外資料提示，不孕症夫婦的宮頸粘液、精液中解脲支原體或衣原體培養陽性率高達50%以上，由此可見，解脲支原體或衣原體感染與不孕症的發生有相關關係。解脲支原體或衣原體感染造成不良的另一個原因是流產，有人從流產的組織中檢查出解脲支原體的陽性率高達40%以上。因此，對不明原因的流產，尤其是多次流產者，應考慮有解脲支原體或衣原體感染的可能。解脲支原體或衣原體感染造成的不完全梗阻的輸卵管炎性粘連，可使管腔狹窄，通而不暢，還是發生宮外孕的重要原因。
婦女妊娠後，由於孕激素的增加，抑制了細胞免疫，機體抵抗力下降，更易受到解脲支原體或衣原體的感染，解脲支原體或衣原體引起的圍產期感染已是現代產科面臨的新問題。解脲支原體或衣原體可以經胎盤垂直傳播或由孕婦下生殖道感染上行擴散，引起宮內感染，兩者均可導致流產、早產、胎兒宮內發育遲緩、低體重兒、胎膜早破，甚至造成胎死宮內等一系列不良後果。
胎兒影響
支原體或衣原體感染本身可致不孕，流產早產，低出生體重兒和胎兒畸形。但是首先要看你是懷孕幾個月的時候感染的，如果是孕早期，對胎兒就可能有影響，孕中晚期胎兒的各器官已發育得較好時影響不大。支衣原體可以經胎盤垂直傳播或由孕婦下生殖道感染上行擴散,引起宮內感染,兩者均可導致流產,早產,胎兒宮內發育遲緩,低體重兒,胎膜早破,甚至造成胎死宮內等一系列不良後果. 在分娩過程中,胎兒經產道娩出時,也易被感染.常見的有新生兒眼炎,其次為新生兒呼吸道感染,其他還有中耳炎,咽喉炎等.對於支原體衣原體的是嚴重影響到胎兒和自生，會造成家庭和新生兒的疾病。
