1.致病菌耐藥。因為在一開始患病的時候沒有正規的採取治療措施，用藥也不正規，破壞了內部的環境，並且使得細菌對於藥物有了一定的耐藥性，使得治療效果也不好，有時候反覆發作，使得尿道炎總也治不好。
2.潛伏隱匿感染。部分微生物引起的尿道炎經抗生素治療後，因藥效和療法的缺陷，在飲酒、勞累、精神緊張等因素出現時，可能誘使潛伏致病菌繁殖，從而出現症狀，即尿道炎復發。
3.隱深部位的感染。由於致病菌隱藏於組織深層，以及潛藏於尿道隱窩、尿道旁腺等部位，使得藥物很難對其全面殺死，給康復留下了後患。同時急性尿道炎有可能伴發前列腺炎，當尿道炎治療後，仍可因來自前列腺的感染而復發。
4.併發症的影響。如若病情反覆，長期炎性損害，造成尿路黏膜、腎盂腎盞受損、纖維化、變形，尿路阻塞、畸形，影響了正常的尿液引流和治療，都給尿道炎的治療帶來影響，使得傳統的藥物治療療效不佳，治療更加困難。
5.免疫力低下。專家說有些患者免疫力低下，如合併有糖尿病、腫瘤、肝病、營養不良或其他慢性疾病，對尿道炎的治療也造成很多困難。
6.神經過敏因素。某些尿道刺激症狀源於精神因素，是神經官能症的一種特殊表現。一些具有過敏體質的患者，抗過敏治療獲得一定療效，說明人與反應有關。
