如果是單純性囊腫，沒有分隔，沒有囊內乳頭，沒有鈣化等複雜的特徵，基本上是良性，可以保守觀察。4-8周後複查時囊腫通常會變小或者消失。如果囊腫不消失，但是超聲顯示仍是單純性囊腫，仍然可以繼續嚴密觀察。卵巢生理性囊腫如合併月經紊亂等內分泌症狀者，可口服藥物治療以減輕症狀，但對於病理性囊腫，目前還沒發現有明確療效的口服藥物。
卵巢囊腫切除術，年輕患者尤其是絕經前患者多采用此種術式，而儘可能保留正常的卵巢組織。
輸卵管卵巢切除術，年齡較大(45歲以上)或絕經後患者，可行行一側或雙側輸卵管卵巢切除術。
考慮惡性或診斷不明確的囊腫在手術後要將切除物送病理檢查，在顯微鏡下明確囊腫的性質，再考慮下一步的治療。如果卵巢囊腫出現扭轉、破裂、出血、感染等併發症，應行急診手術。
