肝癌與肝囊腫似有相似之處，因為肝癌也屬於腫瘤，和肝囊腫有些相似，有些人會把二者混淆，其實肝癌與肝囊腫的區別很大，這是兩種完全不同的疾病，肝癌為惡性，肝囊腫為良性疾肝癌與肝囊腫似有相似之處，因為肝癌也屬於腫瘤，和肝囊腫有些相似，有些人會把二者混淆，其實肝癌與肝囊腫的區別很大，這是兩種完全不同的疾病，肝癌為惡性，肝囊腫為良性疾病。
肝腫瘤(主要是肝癌)與肝囊腫要分清的，不診斷清楚就盲目治療是不恰當的!因為如果是肝癌，早期在腫塊比較小(小於5cm)的情況下，也要儘可能手術，還要治癒可能，如果腫瘤較大，不是孤立的可以考慮用無水酒精注射，無水酒精注射的原理是酒精讓腫瘤組織凝固壞死，一般只是姑息治療的手段，很難治癒肝癌。 而肝囊腫是良性腫瘤，可以不做任何治療，即使要治療也可以通過手術切除，而不是介入治療。
對於大多數患者來說，其所患肝囊腫均為小的肝囊腫，對這些體積小的肝囊腫，無論先天或後天，無論表淺或深在，無論有無症狀，無論數目多少，均不要緊，不需要處理。肝囊腫與肝血管瘤一樣，不長大、不惡變，對患者無威脅。
肝癌和肝囊腫在臨床上的處理也截然不同。囊腫一般是靜止的，不需要處理。而腫瘤有進行性生長的特性。惡性腫瘤(肝癌或肝肉瘤)還有侵潤及轉移的特性。因此，對腫瘤應積極治療。
另外應該警惕的是，肝癌與肝囊腫可合併存在，肝癌伴發肝囊腫並非罕見。因此，臨床醫生和病人不要滿足於肝囊腫的診斷，還應時刻保持對肝癌的警惕性肝囊腫大多生長緩慢，可長期或終生無症狀攜帶，且不會發生癌變，一般不會危害生命，但少數可因囊腫破裂、出血而出現急腹症;而肝癌瘤體生長速度相對較快，較易出現併發症，病死率較高。
