由於肛瘻與痔瘡都屬於肛腸疾病，而且發病部位都是在肛門，且都有疼痛跟出血的症狀，所以很容易把肛瘻和痔瘡混淆。但是它們的發病原理是不同的，所以它們也是很容易區分的。
痔瘡的一個主要症狀是內痔脫出。脫出於肛門外的內痔，受到括約肌的夾壓，靜脈迴流受阻，而動脈血仍不斷輸入使痔核體積增大，直至動脈血管被壓閉，血栓形成，出現痔核變硬、疼痛，難以送回肛門內。肛瘻也是常見的肛門疾病。也可以稱為痔漏，是肛管、直腸周圍膿腫潰破切開後的後遺症。肛瘻大多是非特異性感染，少數是結核性的。其內口位置是在齒線附近，外口位於肛門周圍皮膚上，長年不愈有可能病變成腸惡變。
肛瘻是由於肛門周圍膿腫而導致的一種疾病，不經過治療是很難自愈的。而其後果即是長期從瘻外口流出膿汁、分泌物，甚至糞便。很多患者誤以為消腫就治好了肛瘻，其實不然，膿腫消除只是治標，而肛門裡面內瘻口並沒有消除，病灶在，那麼肛瘻就容易復發，很多患者出現一年發作一次的現象，原因就在於此。肛瘻每發作一次，就可能形成一條瘻管，一般的患者有1～2條，多的有十幾條。瘻管多了，反覆刺激括約肌，會導致括約肌機能減退，大便失禁，甚至發生肛管惡變。肛管惡變病例在肛腸科臨床上時有發現，其中不乏一些年輕病人。
治療肛瘻關鍵是找到內瘻口，然後完全切除，專業醫師操作，找得準，切得快，患者遭受的痛苦小，一些非專業的醫師操作，不僅切不乾淨、容易復發，更嚴重的會損傷括約肌，導致眾多的併發症，甚至造成肛門失禁，給患者帶來莫大的痛苦。
患者在進行治療時，一定要把肛瘻與痔瘡區別開來，不要把肛瘻當成痔瘡，而影響治療，延誤病情。肛瘻患者最好到專業的肛腸醫院進行檢查，做出正確的診斷，才能找到正確的治療方法。
